Cumhuriyet dönemi incelendiğinde, oldukça sınırlı sayıda olan üniversitelere çeşitli şekillerde rektör atandığı görülür. 1924 yılında Atatürk’ün imzasıyla yayımlanan Talimatname ile rektör seçimi öğretim üyelerine bırakılmıştır. Ancak en çok oyu alan iki aday arasında seçim yapma hakkı Millî Eğitim Bakanlığına (Maarif Vekâletine) verilmiştir. Daha sonra 1933 yılında çıkarılan Yasa ile üniversitelerde köklü bir değişikliğe gidilmiştir. Bu Yasa aynı zamanda üniversitelere rektör atamayı da düzenlemiştir. Bu düzenlemeye göre rektörün, Millî Eğitim Bakanının (Maarif Vekili) önerisi ve üçlü kararname esasına göre atanması öngörülmüştür.
1946 yılında çıkarılan yeni bir yasa, yine rektör atamayı seçim esasına göre düzenlemiştir. Söz konusu 4936 sayılı Yasa ile rektörlerin, üniversite bünyesinde yer alan fakültelerin profesörleri tarafından, iki yıl için seçilmesi ve her dönem farklı bir fakülteden olması koşulu getirilmiştir. Seçimde salt çoğunluk esasına yer verilmiştir. Daha sonra, 1960 yılında yürürlüğe giren 115 sayılı Kanun’la da Millî Eğitim Bakanlığının üniversiteler üzerindeki yetkileri kaldırılmıştır. Ancak rektör atamada aynı usul devam etmiştir.
Üniversite özerkliği ile ilgili en önemli düzenlemenin, 1961 Anayasa’sında yer alan düzenleme olduğu söylenebilir. Anayasa’nın 120. maddesinde üniversite yöneticilerinin kendi öğretim üyeleri tarafından seçilmeleri esası bizzat yer almaktadır. Sonra, 1970 yılında çıkarılan başka bir Yasa; rektörün, öğretim üyelerinin salt çoğunluğu tarafından üç yıl süreyle seçilmelerini öngörmüştür.
Günümüz üniversitelerinin işleyişini ve rektör atamalarını 1981 yılında çıkarılan 2547 sayılı Kanun düzenlemektedir. Ayrıca 1982 Anayasa’sı da üniversiteler ile ilgili bazı hükümler içermektedir. 1982 Anayasa’sının 130. maddesinde “Çağdaş eğitim-öğretim esaslarına dayanan bir düzen içerisinde milletin ve ülkenin ihtiyaçlarına uygun insan gücü yetiştirmek amacıyla ortaöğretime dayalı, çeşitli düzeylerde eğitim-öğretim, bilimsel araştırma, yayın ve danışmanlık yapmak, ülkeye ve insanlığa hizmet etmek üzere çeşitli birimlerden oluşan kamu tüzel kişiliğine ve bilimsel özerkliğe sahip üniversiteler devlet tarafından kanunla kurulur. Kanun’da gösterilen usul ve esaslara göre, kazanç amacına yönelik olmamak şartıyla vakıflar tarafından devletin gözetim ve denetimine tabi yükseköğretim kurumları kurulabilir.” ifadesi yer almaktadır. Yine aynı madde de “Kanun’un belirlediği usul ve esaslara göre rektörler cumhurbaşkanınca, dekanlar ise Yükseköğretim Kurulunca seçilir ve atanır.” denmektedir.
2547 sayılı Kanun’da rektörün cumhurbaşkanı tarafından beş yıl için atanması öngörülmüştür. İki dönem (1982 ve 1987 yılı için) bu düzenlemeye göre üniversitelere rektör atanmıştır. Ancak 1992 yılında 2547 sayılı Kanun’un ilgili maddesinde değişiklik yapılarak seçim usulü getirilmiştir. Söz konusu değişiklikte, “Üniversitelerde rektörlük seçimi sonucu, en çok oyu alan altı aday Yükseköğretim Kuruluna (YÖK) bildirilir. YÖK de altı aday arasından üç adayı cumhurbaşkanlığına sunar, cumhurbaşkanı da YÖK tarafından sunulan üç adaydan birini dört yıllığına rektör olarak atar.” ifadesi yer almaktadır.
1992 ve 1996 yıllarında üniversitelerde yapılan rektörlük seçimlerinde, Yükseköğretim Kurulu, altı aday arasından en çok oyu alan üç adayı cumhurbaşkanlığına rektör atanmak üzere sunmuştur. Cumhurbaşkanı da üç aday arasından en fazla oy alanı atamıştır. Hemen hemen bütün rektörlük atamalarında en çok oyu alanın atanması bir teamül hâline gelmiştir.
Ancak, 2000 yılında Cumhurbaşkanı seçilen Ahmet Necdet Sezer teamül hâline gelen en çok oyu alan adayın rektör olarak atanması usulünü rafa kaldırmıştır. Kanun bu yetkiyi kendisine vermektedir. Ancak her kanuni yetki hukuki olarak kabul edilmeyebilir. Örnek verecek olursak 2000 yılında 19 Mayıs Üniversitesi Rektörlüğüne 297 oy alan Osman Çakır yerine 71 oy alan Ferit Bernay’ı atamıştır. 2004 yılında Gazi Üniversitesinde 1064 oy alan Rıza Ayhan yerine 366 oy alan Kadri Yamaç’ı rektör olarak atamıştır. Örnekleri çoğaltmak mümkündür. Daha sonra Kastamonu Üniversitesinde kendi oyundan başka 1 (bir) oy alan aday bile, Ahmet Necdet Sezer tarafından rektör olarak atanmıştır.
Yapılan hukuksuzluklar kendini demokrat olarak kabul eden kişi ve gruplar tarafından da savunulmuştur. Bazı gazeteler 19 Mayıs Üniversitesine yapılan atamanın 80 sivil toplum örgütü tarafından olumlu bulunduğunu ve Cumhurbaşkanının doğru bir atama yaptığını yazdılar. Ancak üniversitenin esas unsuru olan öğretim üyelerinin tercihlerinin çöpe gitmesi ile ilgilenmediler. Hatta 2004 yılında Gazi Üniversitesindeki atama için, Hürriyet gazetesinde köşe yazarı olan Yalçın Doğan adlı bir gazeteci şu ifadeleri kullanmakta hiç tereddüt etmedi: “Gazi, Fırat, Cumhuriyet ve Trakya Üniversiteleri rektörlerinde Cumhurbaşkanı Sezer YÖK’ten giden listede ikinci sırada olan adayları tercih ediyor, Sezer doğru yapıyor. Bu üniversitelerde elediği adaylar ya dinci ya da MHP desteğinde hocalar.” Hatta Ankara Gazi Üniversitesi için “Gazi Ovası MHP yuvası diye slogan bile var. O rektör de gidiyor.” (Hürriyet, 07.07.2004).
Adı geçen gazetecinin dikkat etmediği, dikkate almadığı veya dikkate almak istemediği bir gerçek, Milliyetçi Hareket Partisinin hükûmet ortağı olarak Ahmet Necdet Sezer’i Cumhurbaşkanı adayı göstermesi ve Cumhurbaşkanlığı seçiminde de bütün milletvekillerinin Ahmet Necdet Sezer’e oy vermesiydi. Bir adayı cumhurbaşkanlığına layık görüp demokratik olgunluk ve erdemi göstererek seçiyorsunuz ve seçtiğiniz aday sizi ve size yakın adayları demokrasi dışı görüyor. Böyle bir anlayışı aklıselim sahibi birisinin kabul etmesi mümkün değildir. 2000-2007 yılları arasında yapılan rektör atamalarında öğretim üyelerinin tercihleri dikkate alınmamıştır. Bu durum, öğretim üyelerinin seçimden beklentilerini asgari düzeye düşürmüş ve teorik olarak seçime bir anlam yüklememeye başlamışlardır. Aynı zamanda çok az oyla atanan rektörler kadrolaşma amacıyla üniversitelerde kaos ve kargaşaya yol açmışlardır.
Söz konusu uygulamalar, 2007 yılında Cumhurbaşkanı seçilen Abdullah Gül tarafından da devam ettirilmiştir. Âdeta öğretim üyeleri tercihlerinin dikkate alınmaması geleneksel bir hâle gelmiştir. Üniversitelerde rektörlük seçimi sonucu, ilk altıya girebilmiş fakat çok az oy almış adaylardan biri de atanmak üzere YÖK tarafından Cumhurbaşkanlığına sunulan üç aday arasında gösterilmiştir. Bu adayı da Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tereddüt etmeden rektör olarak atamıştır.
2000 yılından sonraki demokratik olmayan rektör atamalarına alkış tutanların bugünkü uygulamalardan şikâyet etmeye hakları yoktur. “Gazi Ovası MHP yuvası!” diyenlerin söyleyecek sözleri kalmamıştır. 2015 yılının ilk aylarında başta İstanbul ve Uludağ Üniversitesi olmak üzere birçok üniversiteye rektör ataması yapılmıştır. Yine aynı şekilde en çok oy alan bazı adayların atanmadığını görüyoruz. Kanun, YÖK ve Cumhurbaşkanlığına bazı yetkileri vermektedir. Ancak, üniversite öğretim üyelerinin tercihini dikkate almama, üniversitelerdeki örgüt iklimini olumsuz yönde etkilemektedir. Rektör atamalarında tercihleri göz ardı edilen öğretim üyeleri hayal kırıklığına uğramaktadır. Aynı zamanda öğretim üyelerinin çalışma azmine ve dinamizmine olumsuz etki yapmaktadır. 2015 yılı içinde daha önce olduğu gibi İstanbul ve Uludağ Üniversitesinde en çok oyu alan rektör adaylarının hakkı teslim edilmemiştir.
Olayları, neden sonuç ilişkisi açısından değerlendirmeliyiz. Bugün işimize gelen hukuksuz bir uygulamaya destek verirsek yarın aynı hukuksuzluğa uğradığımızda söyleyecek bir sözümüz kalmaz. Hak, hukuk ve adalet her zaman herkese lazımdır. Eğer hakka, hukuka, adalete demokrasiye ve özgürlüğe hep birlikte sahip çıkmazsak sürekli olarak peşinden koşar dururuz. Yani bir türlü ulaşamayız. Özgür ve özerk bir üniversitenin en önemli şartlarından birisi de eğer seçim yapılıyorsa çoğulculuğu esas almak ve üniversite öğretim üyelerinin iradesini göz ardı etmemektir.