Ekmeleddin İhsanoğlu Yozgatlı Müderris İhsan Efendi ile Rodoslu bir Türk olan Saniye Hanım’ın çocuğudur. 1924'te Kahire'ye giden İhsan Efendi, El Ezher'den mezun olduktan sonra Mısır Osmanlı Arşivlerinde çalışmaya başladı. Daha sonra Ayn Şems Üniversitesi Şarkiyat Bölümü Türk Dili ve Edebiyatı Kürsüsünü kurdu. Ekmeleddin İhsanoğlu 1943'te Kahire’de dünyaya geldi.
İhsanoğlu, Mısır Ayn Şems Üniversitesi Fen Fakültesinden mezun olduktan sonra El Ezher Üniversitesinde akademik hayata başladı. Türk kültürünü küçük yaşta aile çevresinde tanıyan İhsanoğlu, Kahire Millî Kütüphanesiyle Ayn Şems Üniversitesi Edebiyat Fakültesinde Osmanlı kültürü ve edebiyatı ile ilgili araştırma ve eğitim çalışmaları yaptı. 1974’te Ankara Üniversitesi Fen Fakültesinde doktorasını tamamladıktan sonra, İngiltere’de Exeter Üniversitesinde doktora sonrası çalışmalar yaptı.
İslam ve Batı kültürüyle yakından temas eden İhsanoğlu, 1984’te profesör oldu. Prof. İhsanoğlu, İslam Tarih, Sanat ve Kültür Araştırma Merkezinin genel direktörlüğünün yanı sıra İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Bilim Tarihi Bölümü ile Türk Bilim Tarihi Kurumu Başkanlığı, aynı üniversitenin Bilim Tarihi Müze ve Dokümantasyon Merkezi Müdürlüğü görevlerinde bulundu.
2005-2014 arasında İslam Konferansı Örgütü Genel Sekreterliği görevini yürüten Ekmeleddin İhsanoğlu, UNESCO ve Harvard Üniversitesindeki görevlerinin yanı sıra millî ve uluslararası birçok bilim kurumunun üyeliklerinde bulundu.
İhsanoğlu, bilim ve eğitim tarihine katkı ve hizmetlerinden dolayı birçok ödül aldı. Ekmeleddin İhsanoğlu’nun bilim tarihi, Türk kültürü, İslam dünyası ve Batı dünyası ilişkileri ve Türk-Arap ilişkileri hakkında değişik dillerde çok sayıda kitap, makale ve tebliği bulunuyor.
Devlet Üstün Hizmet Madalyası sahibi olan Ekmeleddin İhsanoğlu, evli ve üç çocuk babası.